Kontrola byla zaměřena na peněžní prostředky poskytnuté Českým drahám, a.s. (dále jen „ČD“) na pořízení a obnovu železničních kolejových vozidel v letech 2003 až 2010 ze dvou programů v celkové výši téměř 1,5 miliardy Kč a z úvěrů se státní zárukou v celkové výši 165 milionů Euro (orientačně 4,1 miliardy Kč při kurzu 25 Kč/Euro). Dále byly prověřovány peněžní prostředky ve výši přes 11,8 miliardy Kč, které ČD získaly v roce 2008 prodejem části majetku státní organizaci Správa železniční dopravní cesty.

Poznatky z kontroly ukázaly, že Ministerstvo dopravy (dále jen „MD“) stanovilo neopodstatněně komplikovaný a netransparentní systém cílů, indikátorů a parametrů programů. Jejich naplnění nemohlo být účinně a prokazatelně dosaženo, především s ohledem na předpokládané finanční zdroje programů. MD neprokázalo, že prostřednictvím programů zabezpečilo cílenou a efektivní alokaci prostředků státního rozpočtu.

Peněžní prostředky ve výši přes 11,8 miliardy Kč, které ČD získaly prodejem části majetku státní organizaci Správa železniční dopravní cesty, byly původně určeny na obnovu kolejových vozidel. Po schválení žádosti o změnu ukazatelů v rozpočtu MD rozpočtovým výborem Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, která s prodejem souvisela, předložilo MD vládě požadavek na širší užití těchto peněžních prostředků na prioritní činnosti související s železniční osobní dopravou, který vláda schválila. ČD použily z uvedených prostředků cca 8 miliard Kč na pořízení a obnovu kolejových vozidel a zbylých cca 3,8 miliardy Kč na úhradu jiných závazků včetně mzdových.

Kontrolou zadávacích řízení na dodavatele železničních kolejových vozidel, financovaných z prostředků programů a úvěrů se státní zárukou, nebylo zjištěno porušení zákona o veřejných zakázkách. Příslušné veřejné zakázky však ČD zadaly na základě nabídky jednoho uchazeče, což mohlo ovlivnit výši ceny v neprospěch ČD.

NKÚ doporučuje, vzhledem k odchylnému vývoji hospodářského výsledku, než MD uvádělo v přílohách důvodových zpráv pro jednání vlády k přijetí zákonů o poskytnutí státní záruky za úvěry, a investičním záměrům ČD do roku 2020, jejichž významná část má být hrazena z externích zdrojů, aby orgány ČD, v nichž má stát své zástupce, sledovaly finanční situaci ČD s důrazem na soulad záměrů na vynakládání investičních prostředků s finančními možnostmi ČD, s cílem ujistit se o schopnostech ČD řádně v letech 2013 až 2017 splácet úvěry, na něž byla poskytnuta státní záruka.

Kontrola byla prováděna od listopadu 2010 do dubna 2011. Kontrolovaným obdobím byly roky 2003 až 2011, v případě věcných souvislostí i období předcházející.Kontrolovanými osobami byly Ministerstvo dopravy a České dráhy, a.s. Kontrolní akce byla zařazena do plánu kontrolní činnosti NKÚ na rok 2010 pod číslem 10/24. Kontrolní akci řídil a kontrolní závěr vypracoval člen NKÚ Ing. Jiří Adámek.