Ministr vnitra Jan Kubice provedl k 1. červenci 2011 na ministerstvu vnitra několik organizačních změn. Mezi nejzásadnější změnu patří zrušení postu náměstka ministra vnitra pro mezinárodní vztahy, kterou vykonával Ing. Viktor Čech. 

„Funkce ombudsmana policie zůstane zachována. Po podrobné analýze a vyhodnocení funkce ombudsmana jsem dospěl k závěru, že tento post není zatím potřeba rušit. Pan Čech dostal nabídku ujmout se samostatné funkce ombudsmana policie, kterou však zatím neakceptoval,“ vysvětlil ministr vnitra.

 
Na ministerstvu vnitra byla dále rozšířena působnost odboru interního auditu a kontroly i o finanční kontrolu ministerstva. Tento odbor bude zodpovídat za svou práci přímo ministru vnitra. Odbor kybernetické a informační bezpečnosti bude nyní v kompetenci prvního náměstka pro vnitřní bezpečnost. V resortu dále vzniknul odbor veřejných zakázek a centrálních nákupů a odbor programového období 2014+. Ministr vnitra také přistoupil k systémovým změnám v agendě boje proti korupci. Rozhodl se totiž změnit dosavadní koncept poradních a pracovních orgánů Ministerstva vnitra pro boj s korupcí tak, že k 1. červenci 2011 bude členům Poradního sboru ministra vnitra pro boj s korupcí nabídnuto jejich zapojení do práce Meziresortní koordinační skupiny pro boj s korupcí.

„Za práci této skupiny ponese odpovědnost první náměstek ministra vnitra Jaroslav Hruška. V bezpečnostním úseku Ministerstva vnitra bude dále vytvořena skupina specialistů, kteří se budou boji proti korupci, jakožto prioritnímu vládnímu úkolu, cíleně věnovat. Předchozí model odpovědnosti roztříštěné do několika úseků ministerstva byl přehodnocen a příprava a tvorba vládní politiky boje s korupcí bude do budoucna soustředěna na jednom odpovědném pracovišti,“ uvedl ke změně Jan Kubice.

Ministr si od této organizační změny provázáním dvou existujících protikorupčních platforem slibuje především větší efektivitu spolupráce zástupců exekutivy na jedné straně a zástupců nevládního a podnikatelského sektoru na straně druhé. V rámci Meziresortní koordinační skupiny pro boj s korupcí budou moci členové původního Poradního sboru spolupracovat zejména na strategické úrovni. Budou moci společně definovat návrhy klíčových kroků vlády v oblasti boje s korupcí a také se v praktické a pracovní rovině jednodušeji a efektivněji zapojit do hledání konkrétních forem a podob připravovaných protikorupčních opatření nebo například vládních návrhů zákonů.

Poradní sbor ministra vnitra pro boj s korupcíbyl zřízen dne 6. srpna 2010 ajeho předsedkyní byla Markéta Reedová. Byl složen jednak z odborníků státní správy (Ministerstvo vnitra, Policie ČR, Stání zastupitelství), ale také ze zástupců neziskového sektoru (Oživení, Otevřená společnost) a profesních organizací (American Chamber of Commerce, Asociace malých a středních podniků a živnostníků), coby významného prvku občanské společnosti, jejíž zapojení je nezbytné pro skutečně efektivní tvorbu a naplňování protikorupční politiky České republiky.