Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy se seznámilo s vyjádřením skupiny předsedů akademických senátů některých vysokých škol a považuje za potřebné uvést některé skutečnosti na pravou míru. Ve vyjádření předsedů akademických senátů se uvádí, že ministerstvo se mělo „procedurální kličkou“ vyhnout vypořádání některých připomínek reprezentace vysokých škol. Toto tvrzení je zcela nesprávné a zkresluje skutečnost.

Věcný záměr zákona o vysokých školách byl po celou dobu jeho přípravy intenzivně konzultován s vysokými školami prostřednictvím jejich reprezentace, kterou je Česká konference rektorů (ČKR) a Rada vysokých škol (RVŠ), která zahrnuje také studentskou komoru. K projednávání připravovaného věcného záměru byla ustavena pracovní skupina za účasti zástupců ČKR a RVŠ. Věcný záměr zákona o vysokých školách byl připravován téměř rok a jeho příprava navazovala na šest let trvající diskuse zahájené doporučeními OECD z roku 2006.

Před předložením věcného záměru zákona vládě si MŠMT vyžádalo také připomínky ČKR a RVŠ. Tyto připomínky byly zváženy a v řadě případů akceptovány, nebylo však možné akceptovat všechny z nich. Způsob vypořádání připomínek je uveden v materiálu, který je předložen vládě spolu s textem věcného záměru. Neakceptované připomínky reprezentace vysokých škol však nemohou být předmětem rozporu. To znamená, že o odlišnosti názorů mezi ministerstvem a reprezentací vysokých škol nebude rozhodovat vláda. Takový postup je legislativními pravidly vyhrazen pro případy rozporných názorů mezi vládními resorty (a některými dalšími institucemi obdobné povahy). Ve vztahu k připomínkám organizací typu reprezentace vysokých škol legislativní pravidla výslovně uvádí, že takové připomínky „nejsou předmětem rozporu, i když je tato připomínková místa označila jako zásadní“ (čl. 7 odst. 3 legislativních pravidel vlády).

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy lituje, že je předsedové akademických senátů kritizují za dodržení závazných pravidel vlády pro předkládání legislativních návrhů.

Současně ministerstvo považuje za alarmující, že předsedové akademických senátů vyzývají k nátlakovým akcím směřujícím k tomu, aby podle vydaného prohlášení předsedů akademických senátů „přiměly státní moc respektovat vůli členů akademických obcí“. MŠMT plně respektuje demokratické zásady veřejné diskuse včetně práva vysokých škol a členů jejich akademických obcí na protest. Nemůže však akceptovat, že by obsah legislativy státu měl být diktován partikulárními zájmy. Podle ústavy našeho státu jsou zákony přijímány Parlamentem a vycházejí z vůle občanů vyjádřené demokratickým hlasováním ve volbách a nikoli z požadavků zájmových skupin.